给于谦定的罪和岳飞的“莫须有”很像，只以“意欲”二字便定了罪，判了凌迟。于谦死后，他的妻子被流放，儿子于冕被发配至山西龙门。于谦被杀，天下人都认为是冤案，都督同知陈逵为于谦收敛遗骸，第二年安葬于杭州。朱祁镇的母亲孙太后听说后，也是悼念数日。
在小说《于少保萃忠全传》中，于谦和王文受刑时高喊出“以莫须有效奸贼秦桧之故套，诬陷某等于死。天乎昭鉴！”在史书中对于这件事，也是以类似的口吻“死之日，天日如骤变，阴霾四塞，天下并冤之。”来表述百姓对于谦屈死表示的不满。朱祁镇造成的后果，自己不愿更改，于谦的平反便落到了他的继任者朱见深（朱见浚后来改名）的身上。随着陆续有官员上疏，于谦案在成化年间得到了昭雪。于谦的儿子于冕、于康获释回到了老家，恢复了于谦生前的官职，故宅也得御笔亲题“忠节祠”。
弘治年间，追赠于谦为特进光禄大夫、柱国、太傅，谥诰祠额，谥号“肃愍”，并为于谦雕塑铜像，春秋两祭。
嘉靖年间，又将于谦配享功臣庙，与开国功臣刘基等一起祭奠。